La Universidad Nacional de Caaguazú fue creada por Ley N° 3.198/2007, promulgada en fecha 04 de mayo de 2007. La misma se rige por una Carta Orgánica Ley N° 3.385/2007, promulgada en fecha 07 de diciembre del 2007 con la finalidad de contar con una universidad pública descentralizada, adaptada a la realidad económica y social de la Región del V Departamento del Caaguazú.

La iniciativa de contar con una Universidad Nacional en la ciudad de Coronel Oviedo se gestó por primera vez en la década de los 90, cuando se presenta el primer proyecto de Ley a través del entonces Diputado Nacional Don Silvio Ovelar Estigarribia. En la década del 2.000 se instalaron en la ciudad de Coronel Oviedo a más de la Universidad Católica “Nuestra Señora de la Asunción”, cinco (5) Universidades Privadas con diferentes carreras, no obstante a ello, el deseo de brindar mayor oportunidad a los jóvenes de escasos recursos no claudicó y de nuevo el Diputado Nacional Ovetense Abg. Mario Soto Estigarribia presentó el proyecto de Ley al Parlamento Nacional acompañado muy de cerca por las fuerzas vivas de la comunidad, logrando la aprobación en la Cámara Baja; y con el apoyo del Senador Nacional Don Silvio Ovelar Benítez se contó con la aprobación de la ley de creación en la Cámara Alta, fue así como se concretó la sanción de la Ley, siendo ésta promulgada posteriormente por el entonces Presidente de la República del Paraguay, oriundo de la ciudad de Coronel Oviedo, el Dr. Nicanor Duarte Frutos.

Posterior a la promulgación y divulgación de la Ley de Creación de la Universidad Nacional de Caaguazú, en fecha 18 de mayo del 2007, en la sala de sesiones de la Junta Municipal de la ciudad de Coronel Oviedo se presenta a la comunidad ovetense la Ley de creación de la Universidad, con sede en Coronel Oviedo, ante representantes de la ciudadanía en general.

El día 22 de mayo del mismo año, se reúnen los representantes de los diferentes sectores del Departamento en la Gobernación del Caaguazú, siendo Gobernador del V Departamento en ese entonces el Abg. Enzo Cardozo Giménez. En esta reunión el Gobernador mencionado estuvo acompañado por los intendentes municipales de la ciudad de Coronel Oviedo y de la ciudad de Caaguazú, Don Jorge Aníbal Morales Benítez y por el Abg. Jorge Dos Santos, respectivamente. Durante la reunión fue designada como Secretaria de Actas la Lic. Sara Esmelda Narváez, quien dio lectura a las ordenanzas en las cuales se declaraba de interés municipal y departamental, respectivamente, la creación de la Universidad Nacional de Caaguazú con sede en Coronel Oviedo.

El día 22 de febrero del año 2008, se reúnen los miembros de la Comisión Permanente en carácter de urgencia, a convocatoria del señor Intendente Jorge Aníbal Morales, el tema a tratar era la convocatoria a comicios realizada por el Prof. Abg. Armando Mendoza Romero, realizada en su carácter de profesor más antiguo de la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales de la Universidad Nacional de Asunción, filial Coronel Oviedo; posterior a esta reunión y para la integración de los primeros Consejos Directivos de la distintas Facultades de la Universidad con sede en Coronel Oviedo se estableció otra reunión, la misma fue prevista para el día 27 de febrero del año 2008 en el local de la Municipalidad de Coronel Oviedo, ambas convocatorias fueron realizadas conforme al artículo 106 de la Ley 3.385/2007 que aprueba la Carta Orgánica de la UNCA.

También se debe destacar que el proyecto llamado Universidad Nacional de Caaguazú posteriormente tuvo el acompañamiento sólido e importante de los Diputados Nacionales del Departamento de Caaguazú: Abg. César López Benítez; Abg. Salyn Buzarquis Cáceres y de la Lic. Blanca Duarte Frutos, con el fuerte acompañamiento de las fuerzas vivas de la comunidad, tanto del sector empresarial, comercial, periodístico, gremial, político y también de líderes de diversos ámbitos del quehacer cotidiano en la ciudad de Coronel Oviedo.

Luego de la Asamblea y realizadas las elecciones correspondientes, las primeras autoridades académicas de la universidad quedaron constituidas de la siguiente manera:

Rectorado – Resolución Rectorado N° 12/2008

• Rector: Dr. Pablo Martínez Acosta
• Vicerrector: Lic. Hugo Alfredo Recalde

Posteriormente, pero en el mismo año 2008 fue creada la Facultad de Medicina por Resolución CSU N° 01/2008, siendo su primer Decano el Dr. Eduardo Mingo y el Vicedecano el Dr. Carlos Alberto Cano Fleitas. Asimismo, fue creada la Facultad Ciencias de la Producción por Resolución CSU N° 02/2008, con su primer Decano el Prof. Mv. Jaime Ranulfo Torales Kennedy y como Vicedecano el Prof. Mv. Aníbal Escandriolo Peña.

De igual manera, por Res. CSU N° 20/2008 se crea la Facultad de Ciencias Económicas con su primer Decano el Prof. Lic. Julio César Mendoza Aquino y Vicedecano el Prof. Lic. Hugo Ramón Giménez Barboza; igualmente por la misma resolución se crea la Facultad de Enfermería y Obstetricia designando como Decana a la Prof. Lic. Guiomar Viveros de Cabello y como Vicedecana a la Prof. Lic. Emilce Carolina Rosas de Ramos y la Facultad de Ciencias Políticas designando como Decano al Prof. Abg. Oscar Escobar Toledo y como  Vicedecano al Prof. Abg. José de los Santos Arzamendia.

Cabe destacar que la Universidad Nacional de Caaguazú, empezó a funcionar sin presupuesto, por lo que los funcionarios, docentes y autoridades se desempeñaron en forma ad honorem por el lapso de dos años, hasta el 2009, año en el que contó por primera vez con presupuesto.

En el año 2009 fue creada la Facultad de Ciencias Tecnológicas por Resolución CSU N° 86/2009, gracias al trabajo de un equipo multidisciplinario de profesionales en las áreas de las tecnologías, iniciando oficialmente el funcionamiento administrativo y académico de la institución en el año 2010, siendo sus primeras autoridades el Prof. Ing. Civ. Roberto Rosa Chávez Ayala, como Decano y el Prof. Lic. Ángel Rodríguez González como Vicedecano.

Al finales del año 2009, se crea la Carrera de Odontología según Resolución CSU N° 69/2010, dependiente de la Facultad de Medicina; para el efecto un grupo de odontólogos liderados por el Dr. Ulises Villasanti Torales trabajó el proyecto con directivos de la Universidad, durante todo el transcurso del año 2009; el mismo fue posteriormente designado como primer Director Académico de la referida carrera, y a finales del año 2010 se crea la Facultad de Odontología “Santo Tomás de Aquino” y la mencionada carrera pasa a formar parte de ella; cuyas primeras autoridades académicas fueron el Decano: Prof. Dr. Ulises Armando Villasanti Torales y la Vicedecana: Prof. Dra. Ana María Benegas Ortiz

En el año 2009 según Resolución CSU N°93/2009 fue creada la Escuela Superior de Artes y Desarrollo de Talentos “Arribeño Don Ramón Mendoza”, dependiente del Rectorado de la Universidad Nacional de Caaguazú, en donde fue designado el Lic. Juan Gualberto Duarte Ortigoza, como primer Director de dicha Escuela.

El período de gestión de las primeras autoridades de la Universidad Nacional de Caaguazú, se consideró a partir del año 2009, año en que presupuestariamente comenzó a funcionar. Quedando establecido el primer período de Gestión 2009 – 2013.

En el año 2013, el Rector convoca a la Asamblea Universitaria de manera a realizar elecciones de Rector y Vicerrector, para el siguiente período (2014 – 2018) en donde resultan reelectos el Prof. Dr. Pablo Martínez Acosta y el Prof. Lic. Hugo Alfredo Recalde, para los cargos respectivos, según Resolución CSU N° 104/2013.

 En el Año 2015, el Prof. Dr. Pablo Martínez Acosta, Rector, y el Prof. Lic. Hugo Alfredo Recalde, Vicerrector, presentaron renuncia a sus cargos, por lo que el Consejo Superior Universitario, convocó a Asamblea Universitaria para elegir Rector y Vicerrector de manera a completar el período de los renunciantes hasta el año 2018. En dicha ocasión resultaron electos por Resolución A.U. N° 03/2015 y Resolución A.U. N° 06/2015 respectivamente:

• Rector Mag. Hugo Ramón Giménez Barboza
• Vicerrector: Dr. Ulises Armando Villasanti Torales

En fecha 27 de marzo de 2019, se reunió la Asamblea Universitaria, con el objeto de llevar a cabo nuevas elecciones de autoridades para el período 2019 – 2023, resultando, ser electos según Resolución Asamblea Universitaria Nº 02/2019, Acta Nº 02/2019:

• Rector: Mag. Ángel Rodríguez González
• Vicerrector: Mag. Ulises Armando Villasanti Torales.

La universidad ha crecido con la comunidad, buscando ser siempre respuesta a los problemas sociales procurando un acercamiento constante a la comunidad y la región que rodea al gran Caaguazú mediante la responsabilidad social universitaria, a través de sus pilares la Academia, la Extensión Universitaria y la Investigación, sin descuidar el contexto nacional e internacional con un sólido relacionamiento con varias instituciones públicas y privadas mediante acuerdos de mutua cooperación.